آیت الله بهجت تحصیلات حوزوی خود را در شهر کربلا و نجف أشرف نزد بزرگانی همچون آقا ضیاءالدین عراقی، میرزای نائینی، حاج سید ابوالحسن اصفهانی، حاج شیخ محمد حسین غروی اصفهانی معروف به کمپانی، حاج سید علی قاضی طباطبائی، محمد کاظم شیرازی و مرحوم آیت الله العظمی بروجردی کسب علم نمود و از جانب مرحوم آیت الله قاضی، لقب فاضل گیلانی گرفته بود.

وی پس از شانزده سال اقامت در عراق، در سال ۱۳۲۴ شمسی به توصیه پزشکان و به دلیل بیماری به ایران بازگشت و چند ماه بعد عازم حوزه علمیه قم گردید و در همان شهر ساکن گردید و از بزرگان حوزه علمیه قم مانند سید محمد حجت کوه کمری و آیت الله الهظمی بروجردی بهره ها برد. پس از رحلت این عالم ربّانی، حضرت آیت الله جوادی آملی بر پیکر وی اقامه نماز کرد.

معظم له در پاسغ به استفتاء در خصوص ارتباط با بهائیان مرقوم فرمودند :

·         استفتاء از حضرت آیت الله العظمی بهجت رضوان الله تعالی علیه